Große Teile der Ausstellung sind unverändert. Nach wie vor bieten zahlreiche Vitrinen einen faszinierenden Blick auf lokaltypische Lebensräume. Die Vitrinen bieten den heutigen Besucher:innen lehrreiche Einblicke in die Natur der Region Düsseldorf, die sie sonst nie sehen würden. Außerdem sind im Museum noch Teile der Vogelsammlung von Dr. Peter Frey ausgestellt. Der Leverkusener Zahnarzt hat selbständig über 1.074 Vögel gesammelt, lebensecht ausgestopft und in 450 Schaukästen mit einer naturalistischen Hintergrundmalerei – Mini- bzw. Einzeldioramen – installiert. 

Im Obergeschoss des Naturkundemuseums kann samstags und sonntags die Dauerausstellung „Wie Menschen Tiere sehen. Die Tierskulpturen Josef Pallenbergs" besucht werden. Die Ausstellung zeigt Tierplastiken des international renommierten Tierbildhauers Josef Pallenberg (1882-1946).